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J'ai rencontré ce problème sur ma Debian Squeeze.
A chaque démarrage, les effets visuels KDE étaient désactivés.

J'ai trouvé une solution, qui n'est pas nécessairement la meilleure,
c'est de désactiver les tests de fonctionnement. Pour cela il suffit d'aller dans la configuration des effets de bureau sur l'onglet "Options avancées" et cocher la case "Désactiver les tests de fonctionnement".

L'idéal serait de savoir quelle est la cause de la désactivation, mais je n'en ai aucune idée